Новодевичий монастырь был основан в 1524 г. князем Василием III в честь православной святыни — Смоленской иконы Божией Матери, и в ознаменование освобождения Смоленска от поляков. На протяжении нескольких веков монастырь был теснейшим образом связан с основными событиями и персонажами политической, религиозной и культурной жизни государства российского: Иваном Грозным, Борисом Годуновым (который в 1598 г. был призван в монастыре на царство), царем Алексеем Михайловичем.

В конце XVII в. монастырь был вовлечен в острую политическую борьбу за власть между Петром I и его сестрой Софьей. В результате Софья была насильственно отправлена в монастырь и пострижена в монахини, где и умерла в 1704 г. В Отечественную войну 1812 г., когда французы заняли Москву, монастырь был использован для размещения складов, и даже существовала угроза взрыва всех его построек.

В XVI-XVII вв. монастырь был одной из самых почитаемых на Руси женских обителей, местом пострижения в монахини представительниц царской династии, а также богатейших боярских и дворянских родов того времени, причем эти женщины получали затем право быть похороненными на территории монастыря. Некрополь, возникший здесь в XVI в., в последующем существенно расширился, и здесь стали погребать выдающихся государственных деятелей, героев войн, ученых, писателей. Здесь находятся семейные усыпальницы Волконских и Прохоровых, могилы историка С.М. Соловьева, героя войны 1812 г. Д.В. Давыдова, писателя И.И.Лажечникова и др.

Архитектурный ансамбль Новодевичьего монастыря, который начал складываться в первой половине XVI в., был в основном завершен к концу XVII в. До наших дней он дошел практически в неизменном виде. Ансамбль отличает целостность и подлинность: он не подвергался перестройкам и реконструктивному вмешательству, здесь отсутствуют воссозданные объекты, ведутся только реставрационные и консервационные работы.

Центр всей композиции – пятиглавый Смоленский собор, самая первая каменная постройка в монастыре (1524-1525 гг.), сложенная из кирпича с деталями из белого камня. В интерьере храма сохранилась уникальная настенная роспись, выполненная московскими мастерами в конце XVI в.; основная тема фресок – текст Акафиста, воспевающего Пресвятую Богородицу. Стиль росписи тяготеет к классическому древнерусскому стилю — с его строгой каноничностью образов, иерархичностью фигур и лаконизмом композиций, вместе с тем, этот стиль оказался вполне декоративным. Полностью сохранился древний иконостас (1683-1686 гг.) — пятиярусный, деревянный, с позолоченной резьбой, ярчайший образец сооружений подобного типа.

За исключением главного собора, все основные сооружения монастырского ансамбля выдержаны в едином стиле, получившем название «московское барокко». Этот стиль отличает обилие декоративных деталей из белого камня на фасадах кирпичных зданий, а также симметричность и грациозность построек в целом.

Пятиярусная монастырская колокольня, воздвигнутая в 1683-1690 гг., сложена из кирпича, имеет разнообразные белокаменные детали, и выделяется крайне живописным обликом. Яруса, перекрытые сводами, соединены между собой внутристенными лестницами, при этом первый ярус внутри разделен на два этажа, а пятый – на три этажа, связанных между собой деревянными лестницами. Сохранились колокола XVII в. Благодаря своей значительной высоте (73 м), точно найденному местоположению, красоте и пропорциональности, колокольня всегда играла роль главной высотной доминанты этого района Москвы.

Другие важные элементы единого монастырского историко-архитектурного ансамбля – Успенская церковь с трапезной палатой, Амвросиевская церковь, Казначейские, Погребовые, Певческие, Мариинские, Лопухинские палаты, палаты Ирины Годуновой и палаты Евдокии Милославской; это также больница, стрелецкие караульни, училище. В интерьерах этих монастырских построек можно увидеть кирпичные печи, облицованные полихромными изразцами, сводчатые потолки и колонны, орнаменты и арочные ниши, профилированные карнизы и филенчатые двери.

Новодевичий монастырь являлся одновременно и крепостью: он входил в систему оборонительного монастырского «кольца», сформированного вокруг города. Крепостные стены с 12 башнями (из которых четыре угловых – Никольская, Напрудная, Сетуньская и Чеботарная – являются круглыми, остальные – квадратными) были воздвигнуты в 1680-е гг. В плане монастырская ограда напоминает по форме прямоугольник (площадью 5,3 га), одна из сторон которого обращена к пруду. Стены и башни оснащены бойницами и внутренними галереями, в центре южной и северной сторон – трехпролетные въездные ворота с надвратными храмами. Как и весь монастырский ансамбль, стены и башни выполнены в стиле «московского барокко» и сложены из кирпича с живописной белокаменной отделкой, при этом башни украшены легко узнаваемыми ажурными «коронами».

Монастырь прекратил свое существование в 1922 г., когда здесь был создан музей. В 1934 г. этот музей был передан в ведение Государственного Исторического музея в качестве отдельного филиала. Ныне здесь функционирует целый ряд экспозиций, проводятся тематические экскурсии. Современные охранные статусы монастырского ансамбля: особо ценный объект культурного наследия народов Российской Федерации (с 1991 г.) и памятник архитектуры федерального значения (с 1995 г.). В музеях собраны ценнейшие коллекции древнерусской живописи и икон, книг (в т. ч. рукописных), тканей, церковной утвари и иных предметов декоративно-прикладного искусства.

В августе 2004 г. было торжественно отмечено 480-летие монастыря, а также 10-летие возобновления в нем монашеской жизни.